微生物菌肥是以微生物生命活动导致农作物得到特定的肥料效应，达到促进农作物生长或产量增加或质量提高的一类产品，亦称微生物菌肥。微生物菌肥不仅为农作物提供了生长所必需的各种营养元素，增加土壤中有益微生物的活性，同时可减少复合肥的过量施用，克服不科学施肥造成的弊端。
微生物菌肥的种类
1、农业微生物菌剂其本身不含营养元素，而是以微生物生命活动的产物改善作物的营养条件，活化土壤潜在肥力，刺激作物生长发育，抵抗作物病虫危害，从而提高作物产量和质量。如大豆根瘤菌、生物磷肥、生物钾肥、抗病与刺激作物生长的菌剂等。
2、生物有机肥是有机固体废物（包括有机垃圾、秸秆、畜禽粪便、饼粕、农副产品和食品加工产生的固体废物）经生物肥菌种发酵、除臭和完全腐熟后加工而成的有机肥料。
3、复合微生物菌肥是指特定微生物菌剂与营养物质复合而成的肥料制品。既含有作物所需的营养元素，又含有益微生物，既有性，也有缓效性，可以代替化肥供农作物生长发育。如目前市场销售的微生物菌肥，代表着目前肥料发展方向，具有广阔的发展潜力。
微生物菌肥的功效
1.提高产量。
实践证明，微生物菌肥不仅为农作物提供营养元素，其有效菌还能分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等活性物质，刺激、调节、促进作物的生长发育，有利于农作物增产。
2.改善品质。
微生物菌肥能有效地改善农产品品质。实践证明，施用微生物菌肥收获的农产品，蛋白质、糖分、维生素、氨基酸等有益成份含量明显提高，籽粒、果实丰满光滑，蔬菜果品色泽亮丽。
3.增强作物的抗逆性能。
大多微生物菌肥中的有效菌，具有分泌类物质和多种活性酶的功能，能抑制或杀死致病菌，降低病害发生及增强作物的抗逆性，如可增强农作物的抗旱、耐寒、抗倒伏、防病及抗盐碱能力，同时还能有效预防作物生理性病害的发生。
4.提高化肥利用率。
微生物菌肥有效菌大多能分解土壤中有机质，有机质分解过程中生成腐殖酸，腐殖酸与土壤中的氮形成腐殖酸铵，可减少氮肥的流失。解钾溶磷有效菌能将土壤中固化的化学钾肥、化学磷肥分解转化为钾、磷，提高其利用率，降低生产投入，减少资源浪费。
5.改善土壤养分。
微生物菌肥有效菌能够促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供应能力。有效菌所分泌胞外多糖物质，是土壤团粒结构的粘合剂，能够增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分，改善土壤中养分的供应状况。
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