有机肥和菌肥都是作物施入底肥时经常用到的肥料，很多种植户虽然每年都会使用有机肥和菌肥，但是还是搞不清这两者有什么区别，该如何正确使用。
有机肥和菌肥其实是两个完全不同的肥料品种，这需要从构成土壤的三大元素说起——土壤由矿物质、有机质和微生物构成，其中矿物质指的是氮磷钾钙镁锌等大中微量元素，是直接作用于作物生长的营养元素，而有机质则是指黄腐酸等一类物质，其主要作用是改善土壤，同时提供长效的肥力，也就是我们日常使用的“有机肥”；
而微生物就是突然中活的物质，他们既能促进作物健康生长，也可能造成和传播某些病害，所以分为有益菌和有害菌，我们用的菌肥当中，就充斥着大量的有益菌，以此来调节土壤活性，抑制有害菌的生长。
有机肥
从定义上来看，有机肥是利用一切有生命的动、植物残体以及人畜排出的粪便等，直接或加工后而成的肥料，主要有堆肥、粪肥、饼肥、绿肥等，当然也包括商品有机肥。
其特点是营养全面，且具有缓效性。兼有改良土壤理化性质、提升土壤有机质等作用。
生物菌肥
泛指含有特定的活体微生物，可通过其生命活动促进植物营养元素的供应量吸收，有的还能释放生长激素并抑制有害微生物的形成的一类肥料。
主要包括固氮菌类、微生物拌种剂及复合生物菌肥三类。田地精华微生物菌肥，1.添加EDTA多元素螯合肥，铜、铁、锰、锌、硼、钼、钴等微量元素。为作物补充各种营养，叶片厚大，浓绿，抗枯萎、抗根腐、抗重茬，提高作物产量。2.添加枯草芽孢杄菌，渗透力强，附着力强，增产增收。3调整土壤，降解农残。
有机肥与生物菌肥的区别
①侧重点不同：有机肥是一种肥料，但生物菌肥的落脚点在菌上，更偏向其功能性，如提高肥力、促进土壤中难溶的矿质营养释放、增强植物抗病抗逆能力等。
②使用方式不同：有机肥一般是作底肥、或生长期追肥；菌肥可用于拌种、基肥、追肥、蘸根等。
③使用条件不同：有机肥一般无特殊的限制条件，但菌肥是“活”的，所以不可与杀虫剂、杀菌剂混用，也不能长期暴露于阳光照射下。此外，土壤的含水量、温度、pH条件等也会影响菌肥的效果。